一、项目名称及内容
（一）项目编号：JF-******
******控制中心结核分枝杆菌基因组测序服务采购公告
（三）项目地点：江西省南昌市
（四）项目内容：采购数量及参数见附件
（五）预算价格：99200元人民币
（六）评价办法：在本次采购全部满足采购方要求下所报最低报价者为拟中标人。
二、投标人资格条件：
（一）具有独立承担民事责任的能力；
（二）具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；
（三）具有履行合同所必须的货物和专业技术能力；
（四）有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录；
（五）在经营活动中没有重大违法记录；
三、投标人投标文件须提供
（一）报价单
（二）营业执照复印件，加盖单位公章
以上资料密封后，在启封口加盖单位公章并标明项目编号递交。
四、响应文件提交截止时间
2025年3月31日10：00时（北京时间）。
五、联系方式
******控制中心药品科
联系人：赵汉斌
联系电话：0791-******
详细地址：江西省南昌市北京东路555号
六、附件
2025年03月25日
序号 | 名 称 | 规格 型号 | 购置 数量 | 技术要求 | 交货日期 | 用 途 | 计划资金 | |
1 | 结核分枝杆菌全基因组测序 | 例 | 320例 | 详见参数 补充表 | 2025.5 | 疫情处置； 耐药监测 | 9.92 | |
计划资金合计：9.92万元 | ||||||||
结核分枝杆菌全基因组测序项目参数补充表
结核分枝杆菌全基因组测序项目参数
1、测序服务内容
（1） 样本提取：取灭活结核分枝杆菌菌液进行超声分散。采用改良版CTAB法提取DNA。
（2） 样本质检：Agilent 5400完整性检测，对样本是否满足建库测序要求进行判定。
（3） 测序目标：结核分枝杆菌全基因组测序
（4） 测序平台：二代Illumina测序平台或华大T7平台
（5） 测序长度：PE150
（6） 测序深度：平均200X
（7） 文库类型：微生物小片段文库
（8） 数据质量：在样本合格的情况下，平均Q30≥90%
（9） 数据产量：1 G Raw Data
2、生信分析服务内容
（1） 低质量序列过滤、接头（adapter）序列去除：原始数据(Raw Data)进行去除接头和低质量read的处理，得到有效数据(Clean Data)。
（2） 参考序列比对：将Clean Data比对到结核分支杆菌参考基因组H37Rv（NC_000962.3）进行测序深度和覆盖度的统计。
（3） 变异检测：鉴定突变位点，对突变进行注释，获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel等一系列变异信息。
（4） 遗传距离分析：根据每个菌株的突变位点生成突变矩阵，根据突变矩阵生成菌株间SNP距离矩阵。
（5） 耐药分析：谱系及耐药突变分析结果。耐药突变频率结果。补偿性突变结果。耐药报告结果。包括：异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮、氨基糖苷类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸、利奈唑胺、贝达喹啉、氯法齐明、德拉马尼17种药物。
进化树构建：通过与结核分枝杆菌参考基因组H37Rv（NC_000962.3）进行比对，构建进化树，图形化显示耐药表型。
